Сначала по чёрному дыму.
Написал бы, что бы заменили воздушный фильтр, но вижу что вы уже сделали это. Осталось проверить пропускает ли он хорошо воздух. Иногда попадает контрафакт, и воздух сквозь них поступает с трудом, особенно в дождливую погоду жалуются люди на упавшую тягу двигателя, то есть сырой воздух не желает проходить беспрепятственно сквозь некачественный фильтр. Дизелям нужен чистый воздух в больших объёмах.
Как проверить? Допустим можно на не пыльной дороге запустить мотор без фильтра, смотреть будет ли разница. А ещё на всякий случай проверить воздухозаборник, не попала ли туда какая-нибудь пробка (в моей практике было на ходу залетел воробей и там застрял, у двигателя снизилась тяга, пришлось остановиться и вытаскивать его из воздухозаборника).
Нехватка воздуха, это богатая смесь, конечно снижение тяги и как результат — чёрный дым на выхлопе.
Следующий пункт, это датчик массового расхода воздуха.
Если он выдаёт неправильные показания, допустим посылает сигнал о поступлении воздуха большего объёма, чем на самом деле, «мозги» двигателя будут открывать форсунки на большее время, то есть топлива поступит больше чем надо, вот вам снова чёрный дым, потому как богатая слишком смесь.
ДМРВ надо снять и осмотреть, на месте ли там пластинка (точно не запоминал, но кажется она платиновая), ни в коем случае не трогая руками и никакими скребками. Его можно обработать только специальным спреем из баллончика (там основа, какой-то технический спирт), ну то есть смыть с пластинки пыль и грязь. Потом дать подсохнуть на воздухе и поставить на место.
Если при диагностике будет ошибка по ДМРВ, то осмотреть провода соединительной колодки, проверить поступление сигнала (там должно быть 12 вольт входной сигнал). Если с подключением всё в порядке, тогда при наличии ошибки по датчику, придётся его заменить.
Так как стоит он не дёшево, то можно будет напоследок сделать ещё одну простую проверку. Отключить датчик и прокатиться без него. Если работа двигателя улучшится, пропадут провалы, то значит надо менять датчик точно. Часто задают вопрос, почему бы не кататься без ДМРВ, если без него лучше работает мотор; без этого датчика увеличивается расход топлива.
Следующий пункт, это проверка клапана ЕГР. Они в процессе эксплуатации автомобиля прогорают когда-нибудь(там же горячие газы поступают из трубы глушителя). Часто автолюбители его просто глушат.
Ещё будет очень хорошо если вы отсоедините интеркуллер и промоете его. Снимите шланги, покрутите и пошатайте крыльчатку турбины, нет ли там люфтов.
Если имеется сажевый фильтр, то промыть его керосином или сольвентом, вытряхнуть сажу(или как некоторые его зовут — катализатор, но катализаторы которые на бензиновых моторах они совсем другие).