Из-за подшипников коробки передач не будет вибрации машины если она стоит на месте. Потому что коробка практически не работает, вернее сказать крутится только её первичный вал, который почти полностью снаружи коробки.
Кстати сказать, и шрусы в этот момент тоже стоЯт не задействованные, и не работают во время стоянки автомобиля, то есть никаким образом не могут влиять на вибрацию кузова.
На стоящем автомобиле с работающем мотором, на холостом ходу вибрация может быть из-за порванных подушек двигателя или коробки передач, а также из-за слишком жёсткой резины этих подушек. И будет вибрация из-за неисправных свечей зажигания — двигатель «троит».
Стуки железные при проезде ям и кочек, могут быть из-за износа шаровых опор, рулевых наконечников, амортизаторов и сайлент блоков.
Стук когда отпускаешь педаль сцепления, это может быть из-за износа демпферных пружин ведомого диска сцепления. А когда мотор заглушен, колен/вал не крутится, стоит маховик, и диски сцепления не крутятся, поэтому стука нет.